PHP fue concebido en otono de 1994 por Rasmus Lerdorf. Las primeras versiones no distribuidas al público fueron usadas en un sus páginas web para mantener un control sobre quien consultaba su currículum. La primera versión disponible para el público a principios de 1995 fue conocida como "Herramientas para paginas web personales" (Personal Home Page Tools). Consistian en un analizador sintáctico muy simple que solo entendia unas cuantas macros y una serie de utilidades comunes en las páginas web de entonces, un libro de visitas, un contador y otras pequenas cosas. El analizador sintactico fue reescrito a mediados de 1995 y fue nombrado PHP/FI version 2. FI viene de otro programa que Rasmus habia escrito y que procesaba los datos de formularios. Asi que combinó las "Herramientas para paginas web personales", el "intérprete de formularios", anadio soporte para mSQL y PHP/FI vio la luz. PHP/FI crecio a gran velocidad y la gente empezó a contribuir en el código.
Es difícil dar estadísticas exactas, pero se estima que a finales de 1996 PHP/FI se estaba usando al menos en 15.000 páginas web alrededor del mundo. A mediados de 1997 este número habia crecido a mas de 50.000. A mediados de 1997 el desarrollo del proyecto sufrio un profundo cambio, dejó de ser un proyecto personal de Rasmus, al cual habian ayudado un grupo de usuarios y se convirtio en un proyecto de grupo mucho más organizado. El analizador sintáctico se reescribio desde el principio por Zeev Suraski y Andi Gutmans y este nuevo analizador establecio las bases para PHP versión 3. Gran cantidad de codigo de PHP/FI fue portado a PHP3 y otra gran cantidad fue escrito complétamente de nuevo.
Hoy en día (finales 1999), tanto PHP/FI como PHP3 se distribuyen en un gran número de productos comerciales tales como el servidor web "C2's StrongHold" y Redhat Linux. Una estimación conservativa basada en estadísticas de NetCraft (ver también Estudio de NetCraft sobre servidores web), es que más de 1.000.000 de servidores alrededor del mundo usan PHP. Para hacernos una idea, este número es mayor que el número de servidores que utilizan el "Netscape's Enterprise server" en Internet.
A la vez que todo esto está pasando, el trabajo de desarrollo de la próxima generación de PHP está en marcha. Esta versión utiliza el potente motor de scripts Zend para proporcionar altas prestaciones, así como soporta otros servidores web, además de apache, que corren PHP como módulo nativo.